Krajem 19 veka Apatin populaciono i ekonomski doživljava procvat. Gotovo 14 000 stanovnika većinom katoličke vere svoje religiozne potrebe ne može više da zadovolji u baroknoj crkvi Uznesenje Marijino u centru grada. Gradski čelnici kao i crkveni velikodostojnici na čelu sa opatom apatinske opatije Jakobom Egerom, donose odluku o gradnji još dve velike crkve u Apatinu. Takodje je postojao plan za izgradnji jedne pravoslavne crkve u današnjem Gradskom parku. Crkve su trebale biti izgradjene na periferiji grada u smeru u kome se grad u to vreme počeo širiti. Jedna crkva je trebala biti gradjena kod Gornjeg groblja a druga kod Donjeg groblja u Apatinu.
Crkva Srce Isusovog je gradjena u periodu izmedju 1931 i 1933. godine u pseudoromanskom stilu. Stil je trebao da asocira na benediktince koji su u romanskom stilu izgradili i benediktinsku opatiju u Apatinu krajem 12 veka. Oko crkve trebao je biti izgradjen veliki samostanski kompleks u koji je trebao da se useli dominikanski monaški red. Arhitekta je bio Bruno Buhvizer iz Beča koji je projektovao preko 40 crkava od Skandinavije do Portugala i koji je radio crkve za karmelićanski monaški red. Izvodjač radova je bio gradjevinski preduzimač Nikola Šefer iz Apatina.
To je trobrodna crkva sa nadvišenim glavnim brodom. Duga je 49,9 metara, a širina 17,6 metara. Visina crkve je 12,5 metara. Tornjevi sa krstovima su visoki 38 metara. Planirana je da opsluži 4000 vernika. Dva zvonika se uzdižu iz pročelja brodova. Zvonici su završeni piramidalnim krovićima. Glavni ulaz je naglašen romanskim portalom, stepenasto profilisan i sa arhivoltom. Iznad portala je rozeta i timpanon, kao završetak glavnog broda. Romansku dekoraciju čini niz arkadica u potkrovnom delu centralnog i bočnih brodova, kao i bifore na nadvišenim zidovima glavnog broda, i bifore na sve četiri strane gornje zone zvonika.
Građevinski deo crkve završen je do početka Drugog svetskog rata. Postavljen je privremeni mobilijar kako bi se moglo služiti sveta misa. U planu je bilo oslikavanje cele crkve, postavljanje neogotskih i neoromanskih oltara kao i izrada velikih orgulja na horu crkve. Ratna zbivanja su to omela i crkva je do danas ostala nedovršena.
Nakon rata crkva je propadala i bila u više navrata opljačkana i devastirana naročito u toku zadnjeg rata na ovim prostorima. Nakon 2001 godine započeta je obnova crkve i ona je zahvaljujući donaciji industrijalca Hansa Ilika obnovljena u toku 2010 godine. Posle godinu dana u udaru groma izgoreo je jedan od dva tornja i njegova obnova treba da započne u toku 2019. godine. U crkvi i parohijskoj kući tokom 20 zadnjih godina sakupljeno je ogromno kulturno blago Podunavskih Nemaca koje se svakodnevno izlaže gostima i turistima.
