Naselje Apaty kasnije Apatin izgrađeno je na lesnoj terasi koja kod samog grada izbija na Dunav. Ova lesna terasa, guste šume i nepregledna močvara, omogućile su dobar strateški položaj i obilje hrane za mnoga ljudska staništa koja su nastajala na obodima ove lesne zaravni.
Prvo naselje pod imanom Apati formirano je na najvišoj tački apatinskog atara koja i danas iznosi oko 91 metar nadmorske visine i nalazilo se severozapadno od današnjeg grada. Ovo mesto je bilo naseljeno još od praistorije iz razloga što do njega nikada nisu dopirale visoke vode Dunava. To su danas uzvišenja Kučke gde tzv. "Rimski šančevi" izbijaju na Dunav.
Ovi tzv. "Rimske šančevi" su deo odbrambenog sistema koji je u 3 ili 4 veku nove ere, izgrađen kako bi obezbedio prilaz Dunavu. Da li su ga izgradili Rimljani da bi lakše odbranili Limes ili su ga izgradili neka druga plemena možda Sarmati ili Germani nije još pouzdano utvrđeno. Činjenica je da na ovoj lokaciji i danas može da se pronadje dosta tragova iz perioda kada su na desnoj obali Dunava građeni rimski vojni logori ili naselja. Gotovo je izvesno da se ovde, na prvim uzvišenjima "Kučke" nalazilo jedno Kontra limes naselje ili vojni logor.
Do sada nije poznato da li je u ovom naselju postojao i prostor za obavljanje verskih obreda iako je ovde pronađeno malo poprsje rimskog božanstva koje je korišćeno na malim prenosnim uglavnom vojničkim oltarima.
Ovo područje Bačke dokumentovano se spominje prvi put 535. godine u pismu cara Justinijana nadbiskupu Katelijanu u Skoplje (Scupi), gde car nabraja oblasti koje je podložio pod crkvenu jurisdikciju novom mitropoliti. Među krajevima koje spominje ja i oblast Druge Panonije i biskupije bačke u njoj, što dokazuje da je na ovom području još pre prodora Huna bilo hrišćana. Ovi hrišćani su bili verovatno pripadnici slovenskih i bugarskih plemena koji su boravili na ovom području u to vreme. U periodu koji je sledio na ovom području smenjuju se razna nomadska plemena i to: Jazigi, Huni, Avari, Germani i Sloveni. Godine 895. na ovo područje dolaze razna mađarska plemena, koja se ujedinjuju, i pod Sv. Stefanom 1000. godine primaju hrišćanstvo i postaju sedelački narod. Pod Arpadovićima ovo područje dobija i svoju administrativnu upravu sa sedištem u Baču.
U Srednjem veku značaj područja današnjeg Apatina je uvećan prolaskom trgovačkog puta koji je spajao dva velika administrativna i trgovačka centra, Bača i Bodroga, koji su se nalazili u blizini. Sve ove pogodnosti dovele su do toga da ovo područje postane gusto naseljeno. Tako da u blizini današnjeg Apatina nalazimo na tragove mnogih naselja. Nacionalna struktura u ovim naseljima je bila raznolika. Najviše naselja je bilo naseljeno Mađarima, (Darvaš, Aranjoš, Sonta, Hajsentlorinc, Arnat i dr), bilo je i Germana odnosno Sasa ( Valfer, Lipotfeld i Volman), zatim Tota (Totfalu), pa čak i Saracena – Ismaelićana ( Villa Saracenorum Opus, Villa Hismaelitarum Opus), da bi kasnije nastala i srpska naselja (Vranješevo, Bukčenović, Neorić i Djurić).
Kalačko-Bačka nadbiskupija je do provale Turaka imala jedno sedište u Kalači, a drugi u Baču. Bački je kaptol bio veći i bogatiji. Od 1080. do 1526. godine Bač je bio i nadbiskupsko sjedište, u kojem su kalačko - bački nadbiskupi bar povremeno stolovali. Osim dva stolna kaptola postojali su i zborni kaptoli, u Titelu i u Hajszentlorincu.
Osim kaptola na srednjevjekovnom području današnje Subotičke biskupije djelovale su i opatije i brojni samostani. Na području današnje Bačke je redovnički život bio veoma zastupljen.To potvrđuje činjenica, da je postojalo 10 benediktinskih opatija u blizini. Opatija je samostan u kojem je poglavar opat. Svaki samostan je imao izmedju 12 i 18 monaha. Gotovo se sa velikom sigurnošću može tvrditi da prvi dušebrižnički život na teritoriji današnjeg grada Apatina možemo zahvaliti upravo benediktinskom monaškom redu. Benediktinci su po celoj Ugarskoj razvili svoje samostane. Tome su pomogle i privilegije koje su benediktinci dobili od ugarskih kraljeva. Lokaliteti zvaničnih benediktinskih opatija u Bačkoj su poznati. Najbliža opatija Apatinu je bila u Bačkom Monoštoru odnosno Bodrogu, a opatija je bilo i u obližnjem Hajsentlorincu i Vukovaru. Iako sam naziv Apatin, Apati, Opatin ukazuje na posed opatije do danas nije jasno da li je u Apatinu postojala zvanična benediktinska opatija iako neki kasniji izvori to tvrde. Činjenica da je nadbiskupski dvorac i crkva koja je u njoj izgrađena bila posvećena Bogorodici govori ipak u prilog da su benediktinci na ovom mestu ipak imali neku bogomolju jer su oni zaslužni za širenje kulta Bogorodice u Ugarskoj.
Prvo naselje na teritoriji danšnjeg Apatina je nastalo oko poseda koje je 1093. godine spomenuto u darovnici kralja Ladislava benediktinskoj Opatiji u Bati, i koju je Sv. Stefan osnovao 1093. godine. Smatra se da je tada već počelo da se razvija naselje Apaty u blizini srednjovekovnog naselja Aranjan koje se nalazilo severno od današnjeg Apatina na uzvišenjima u pravcu Kučke. Aranjan se spominje kao selo (villa) 1090. godine, kada je princ David ovo imanje poklonio tihanjskoj opatiji sa 5 porodica, 5 pluga obradive zemlje i 5 ribnjaka (Budrig, Eurim, Weimir, Plas i Strisin). Na suvom delu Aranjana (neplavljenom) nalazili su se vinogradi i podrumi princa Davida. Drugi deo ovog poseda, tamo gde se završava Veliki jarak je kralj Ladislav I poklonio opatiji u Bati. Godine 1211. se spominje u jednom dokumentu da su se ove dve opatije graničile i imale svoja imanja ovde. Te godine spominje se opat Tihanjske opatije Uros (Vros) kao vlasnik Aranjoša u Bodroškom komitetu. Tada se prvi put pominje Apati (Zemljište opatije, ili naselje) pored Velikog jarka. Godine 1212. imanje se graničilo na Dunavu sa Kopačevom u Baranji. Na severnom delu Aranyana je nastalo jedno plemićko selo, dok je južni deo koji se graničio sa naseljem Apos, od 1401 godine nosilo naziv Aposaranyan. Jedan deo stanovnika Aranyana su mogli biti Saraceni, jer se naselje jedno vreme spominje i kao Besenyo što znači Saracen. Na ovom posedu je registrovano 59 odraslih muškaraca u 27 porodice. Množeći ovaj broj radnosposobnih muškaraca sa 3,5 koliko je bila tada prosečna porodica dobijamo oko 200 stanovnika ovog naselja. Ovo naselje je prema razgraničenju atara ležalo između Velikog jarka, Papi, Aposa i Dunava i teritorije Batskog opata, dakle na teritoriji današnjeg Apatina. U povelji o popisu poseda opatije iz Tihanja iz 1267. godine se spominje i crkva Sv. Marije, ali ovaj posed tada prelazi u posed opatije u Bati. Ovo je i prvi pisani dokaz da su benediktinci ovde već izgradili svoju crkvu koju kasnije preuzima kaločka nadbiskupija. Ovaj nam dokument ukazuje da su sva ova naselja koja su se nalazila u blizini imala već brojno stanovništvo.
Mapa iz 1755. na kojoj je još upisan predeo srednjovekovnog Aranyoša
Prvi pisani pomen naselja Apaty saznajemo iz pisma koje je opat opatije u Bati napisao papi Benediktu XII 1337. godine, gde se žali na kaločkog nadbiskupa, da je u svojoj dijecezi postojeće selo (Villa) Apatiy, koji je nekad opatiji u Bati donosio veliki prihod od 300 maraka čistog srebra, pre 26 godina (što znači oko 1311. godine) sebi zauzeo i zadržao. Iako je papa tražio od ostrogonskog nadbiskupa da reši ovaj slučaj, ishod nam nije poznat. Međutim, činjenica je da se od tog vremena opatija u Bati više ne spominje kao vlasnik ovog područja.
Kaločka nadbiskupija od 1337, godine drži ovaj posed sve do dolaska Turakaa iako su okolni posedi stalno menjali vlasnike (jedan je bio ii srpski despot Stefan Lazarević). Sam nadbiskupski dvorac sa crkvom ostaje stalno u vlasništvu kaločke nadbiskupije.
Do sredine 15 veka Apati dobija i status Tržnice ali i status grada (Oppiduma). U tom periodu počinje i gradnja rezidencije sa crkvom. Oko ovog imanja se gradi i odbrambeni sistem (verovatno palisadno utvrdjenje).
Kada je dvorac nastao ne može se sa sigurnosti tvrditi. Predpostavlja se da nastao za vreme nadbiskupa Rafaela Herzega između 1440 i 1453. godine. Prvi siguran pomen ovog dvorca je iz 1453. godine kada se spominje upravnik dvorca (provisorie curie i vice castelani castelli Apati). Posle ovog perioda nalazimo na mnoštvo pomena ovog dvorca uglavnom u sporovima sa drugim imanjima; Darvaš, Aranjoš i Valfer. Svakako najznačajniji dokument vezan za ovaj dvorac jeste pismo koje je iz njega nadbiskup Herceg uputio 2.maja 1455. godine Franjevcu Ivanu Kapistranu sa pozivom da dodje u Bačku. Stalni upadi Turaka u Bački, unutrašnji sukobi, kao i seljačke bune a posebno ona pod vodjstvom Dože Djerdja, doveli su do toga da Bačka kao i Apaty 1514. godine budu zauzeti od Turaka. Nadbiskupski dvorac i Apaty bivaju uništeni za vreme Dožine bune jer je u blizini naselja vođena poslednja bitka Dožinih kuruca i vojske pod vodjstvom Jakoba Banfyja od Lendave koja je došla iz pravca Bača.
Nakon Mohačke bitke (1526) i u vreme konačnog turskog zauzimanja većeg dela Kraljevine Ugarske (1541), Apatin je izgubio svoj dotadašnji značaj, pa se pominje samo kao selo u somborskoj nahiji, u kome je 1570. g. bilo svega 14 domova (12 hrišćanskih i dva turska).
Ovo područje je za vreme turske vladavine bilo tranzitna zona za vojsku, koja je išla u pravcu Budima i Beča, tako da se hrišćansko stanovništvo pred najezdom Turaka povuklo u sigurnije krajeve Mađarske. Apaty se za vreme turske vladavine spominje u turskim defterima i u spisima raznih putopisaca. U drugom turskom defteru iz 1554, godine se već spominje naziv Opatin (Opatovo selo), koji potiče od novonaseljenih Srba, koji su se naselili u susedna naselja Bukčenović i Vranješevo (nekadašnji Aranjoš).
Položaj dvorca i crkve
O položaju i izgledu ovog dvorca i nadbiskupskog imanja sa naseljem oko njega, možemo zaključiti na osnovu starih mapa, usmenih predanja, legendi kao i šturih natpisa svedoka koji su dvorac još videli. Crkva je prikazana na više mapa iz 16,17 i 18 veka i svugde je prikazana kao jednobrodna crkva sa jednim tornjem. Uprkos promenama društvenog uredjenja (Crkva se nalazila prvo u Madjarskoj pa zatim pod vlašću Turaka i na kraju pod Habzburgovcima), možemo da tvrdimo da je fizički postojala sve do kolonizacije ovog područja 1748. godine kada su verovatno njeni poslednji ostaci uklonjeni i iskorišćeni za gradnju Apatina
Na prvoj sačuvanoj geografskoj mapi Ugarske geografa Lazarusa iz 1528. godine, ucrtana je crkva sa jednim tornjem i kulom omanjeg utvrđenja pored tadašnjeg toka Dunava koji je išao u pravcu Bordoga (Današnji Bački Monoštor), a upisan je i naziv Apati. Na istoj mapi vidljiv je već i paralelan tok Dunava koji će u kasnijem periodu postati dominantan a tok koji se nalazio pored Apatija će vremenom presušiti, i od njega danas je vidljiva samo još Herminina bara severno od grada. Nestanak tog rukavca je bio i odlučujući za to da grad u 18 veku više ne bude izgrađen na mestu srednjovekovnog Apatyja nego bliže glavnog toka Dunava. Ispod Apatija je nacrtan prikaz bitke kod Mohača koja se odigrala 1526. godine.
Mapa geografa Lazarusa iz 1528. godine
Na mapi Matijasa Zinta iz 1567. godine Apaty je prikazan na istoj lokaciji kao i na prethodnoj mapi. Opet imamo prikazano veliko ostrvo i dva paralelna korita Dunava. Već je vidljivo da jedno korito preuzima plovni put. Bodrog se nalazi na istom rukavcu kao Apaty tako da je moguće da ovaj nestali grad možemo tražiti u blizini današnjeg Bačkog Monoštora koji je sada udaljen od Dunava kao i Kupusina. Takodje je prikazana crkva sa jednim tornjem ali ovaj put bez utvrđenja. Na tornju crkve je jasno vidljiv polumesec što znači da su crkvu nakon dolaska Turaka pretvorili u islamsku bogomolju.
Mapa Matijasa Zinta iz 1567. godine
Na mapi Heinricha Ottendorfa iz 1667 godine na mestu Apatyja prikazana je samo kućica i naziv Sella. Sam drvorac ove mape nije bio na ovom prostoru ili je likaciju ucrtao samo na osnovu nekog usmenog predanja. Mada su na ovoj mapi jasno vidljivi obližnji Sombor, Zmajevac, Osjek i Mohač.
Mapa Heinriha Otendorfa iz 1667. godine
Na crtežu topografa F. N. Spara de Bensdorfa uz 1697. godine, najbolje je prikazan izgled naselja i same crkve. Ovaj topograf je zaista obišao ovo područje i sa velikom preciznošću ucrtao sve objekte. Na ovoj mapi naselje se nalazi izmedju starog puta za Sombor i sada već rukavca Dunava. Očito da je u to vreme još postojalo nekoliko objekata pored crkve. Obrisi palisadnog utvrdjenja su takodje još vidljivi. Sama crkva je prikazana kao jednobrodna građevina sa jednim tornjem. Na uglovima su prikazani kontrafori koji su ojačavali zidove. Iznad glavnog ulaza prikazan je okrugli otvor koji je verovatno bio prozor ili rozeta. Ove oskudne naznake izgleda same crkve govore nam da je ona bila izgrađena u romanskom stilu. Na ovom lokalitetu pronadjen je i mali fragment kamene plastike sa predstavom krune zatvorenog tipa. Ova kruna je deo predstave Bogorodice i ujedno je i naj stariji prikaz hrišćanstva na ovom području.
Mapa Nikole Spara de Bensendorfa iz 1697. godine 
Na Mraesiljievoj mapi iz 1726. godine vidi se da je rukavac Dunava već potpuno nestao i da se sada Apati više ne nalazi pored Dunava. Prikazana je crkva sa jednim tornjem i nekoliko objekata pored. Ispod Apatina je već prikazan Bukčenović naselje naseljeno Srbima koji su se naselili za vreme seobe pod Arsenijem Čarnojevićem. U selu Bukčenović prikazana je pravoslavna crkva sa nešto nižim tornjem i nekoliko kuća. U to vreme sama nadbiskupska crkva je već bila napuštena od sveštenstva mada je moguće da je korišćena i od strane Srba koji su se neposredno posle toga naselili u naselje Vranješevo. Baron Sluha takođe u svom opisu okoline Bukčenovića iz 1726. godine spominje ostatke ruševina na mestu crkve i starog naselja.
Apatin na Marsiljijevoj mapi Dunava 1726. godine
Bitkom kod Sente 1697. godine princ Eugen Savojski je izvojevao veliku pobedu nad Turcima. Oslobodivši ovo područje, ono podpada pod carsku vlast Austrije. U vreme ponovnog uspostavljanja županijskog administrativnog sistema početkom 18. veka, Apatin je bio nenaseljena pustara u somborskom okrugu. U to vreme naselje i crkva su već bili napušteni. U prvoj polovini 18 veka napušteni objekti su bili sklonište za razne pljačkaše koji su napadali putnike, koji su se kretali na obližnjem putu između vojnih magacina koji su se gradili na Dunavu i oko kojih je nastajao novi Apatin u Sombora koji je bio veći centar. Ovo nam i potcrdjuje i toponim ovog područja koji se zvao „Šuma razbojnika“.
Kolonizacijom nemačkog življa došlo je i do fizičkog uklanjanja crkve i ostalih objekata. Crkva je srušena jer je odluka o revitalizaciji grada od strane županijskih vlasti bila da se naselje izmesti na levu obalu glavnog toka Dunava oko vojnih magacina koji su izgradjeni za potrebe snabdevanja trupa koje su u to vreme još vodile borbe sa Turcima kod Beograda.
Nakon ovog perioda izgled same crkve i njenog položaja imamo iz pera apatinskog kapelana Valentina Salaya koji je u periodu 1821 do 1893 službovao u Apatinu. Ovaj sveštenik je zapisao usmeno predanje izvesnog Filipa Krautšneidera (koji je tada imao 104 godine) i koji je do svoje 41 godine službovao u poznatoj „Dragoner regimenti Alt Würtenberg“ koja je bila stacionirana u Somboru. Vojnici ove regimente patrolirali su na relaciji Batina – Petreš. Ovaj vojnik se posle završene aktivne službe nastanio u Apatinu. On je tokom svoje službe često prolazio pored ruševine nadbiskupskog dvorca i crkve i dobro ih se sećao. Ispričao je i sećanje barona Weisenbaha koji je tada bio direktor kameralnih dobara. On je tvrdio da su ove ruševine ostaci nadbiskupskog dvorca i crkve. On je čak tvrdio da su Turci odveli zadnjeg sveštenika koji je bio fratar, koji je navodno u svojoj crkvi zakopao i sve dragocenosti i relikvije. On je naveo da su stanovnici obližnjeg Vranješeva tu našli mnoge upotrebne predmete, kao i veliki oltarni kamen. Ovaj vojnik nam je dao i opis same crkve. Crkva se nalazila na uzvišenju koje se zove Varošfok oko 600 metara udaljen od rukavca po imenu Saudarm koji je nekada bio plovni tok Dunava. Opisao je crkveni posed kvadratnog oblika u obimu od 200 bečkih klaftra. Sama crkva je bila dugačka oko 8 do 9 klaftra (oko 17 metara). Podatak da je imala ovalne otvore sa mnoštvo ukrasanam govori da je možda bila izfrađena u romanskom stilu. Ispred crkve je bila velika porta gde su rasli stari stoletni hrastovi. Na crkvu su se nadovezale male prostorije. Iza crkve je bila velika bašta od 4 jutra, koja je bila ograđena zidom.
Danas na ovom lokalitetu više nema objekata jer se područje već gotovo 2 veka koristi kao obradiva površina, ali se relativno lako na osnovu ovih i drugih podataka može severno od Apatina utvrditi mesto gde se ova crkva kao i naselje Apaty nalazio. Radi se o višeslojnom arheološkom lokalitetu jer su pronađeni fragmenti keramike od neolita pa do kasnog srednjeg veka. Iz Srednjeg veka nađeni su novčići sa likom kraljice Marije (1371-1395) a to je period kada je crkva verovatno i nastala. Naj interesantniji je nalaz fragmenta kamene plastike u obliku krune zatvorenog tipa, koji je verovatno sa prikaza Bogorodice. Ovaj fragment je ujedno i najstariji materijalni dokaz hrišćanstva na ovom području i potvrđuje neke indicije da je crkva bila posvećena Bogorodici.
Na jednoj mapi iz kasnijeg perioda koja se čuva u somborskom Istorijskom arhivu, na mestu ove crkve prikazana je crkva pored koje je ubeleženo „St.Maria“. Kod apatinskih Nemaca u usmenom predanju ostala je sačuvana legenda koja se takodje može povezati sa ovom opatijom i tragovima koji su nalaženi na ovom području. Ova legenda govori nam o tome kako su građani našli na nekadašnjoj dunavskoj obali kamenu kozu po jednoj, a po drugoj verziji ove legende bila je to lisica. Ona je bila velika i nije se mogla pomeriti sa obale. Dugo godina ležala je na obali dok se nije pojavio čovek u neobičnom odelu sa turbanom na glavi. On je došao do lisice, odvrnuo joj je rep i iz nje su počeli cureti dukati. Ljudi su posle prepričavati da je to bila kasa poražene turske vojske.
Sve ove činjenice nam ukazuju da se pored današnjeg Apatina nalazi još jedan uvek neistraženi arheološki lokalitet koji će, nadajmo se, u budućnosti privući pažnju arheologa i istoričara i baciti nam više svetla na ovu prvu apatinsku crkvu.
