Nakon pobede nad Turcima i oslobađanja ovog područja, austrijski vladari Karlo VI, Marija Terezija, a kasnije i Josip II – poduzimaju niz mera kako bi ubrzali sveobuhvatan razvoj ovog u tursko vreme opustelog područja. Sporazumom o slobodnoj plovidbi Savom i Dunavom, koji su sa Turcima potpisali 1718. godine, omogućena je normalna plovidba i ubrzani razvoj ovog područja. Područje Bačke ulazi u sastav Bačko Bodroške županije koja gotovo u celosti dolazi pod nadležnost Dvorske komore.
Zahvaljujući Dunavu, koji je tada predstavljao bitnu saobraćajnicu između zapadne i jugoistočne Evrope, povoljnom geografskom položaju, značaj ovdašnje obale u korist budućeg lučkog grada naglo je porastao. Godine 1737. južno od današnjeg Apatina izgrađeni su veliki vojni magacini za hranu, a pristanište je osposobljeno za pristajanje većih brodova. Oko ovih magacina i pristaništa počinje da se formira naselje naseljeno vojskom. Planska kolonizacija počinje polovinom XVIII veka kada počinje organizovano naseljavanje Nemaca iz raznih krajeva austrijskog carstva i mađarske kraljevine.
Plan Apatina sa crkvom u današnjoj Pivarskoj ulici iz 1755. godine
Godine 1733 u Bačkoj je bilo svega 9 župa – filijala koje su vođene od franjevaca. Njihovo sedište je bilo u Baču. U periodu pre naseljavanja Nemaca u Apatinu je, pored ostalih komorskih objekata, postojala i prostorija u kojoj se vršila verska služba za potrebe osoblja i vojske. Godine 1720. u izveštaju barona Sluhe, vidimo da se još u okolini vide ostaci (Rudera) crkve. Baron Sluha navodi veličinu ovih ostataka crkve i kaže da su one bile gotovo duplo veće od Apatinske što nam ukazuje da je u vojnom pristaništu već možda postojala manja crkva od naboja ili drveta.
Plan grada arhitekte Zellera iz 1755. godine.
U prvoj kolonizaciji Nemaca iz vremena vladavine carice Marije Terezije, u Apatin je, krajem četrdesetih i početkom pedesetih godina 18. veka, naseljeno više stotina nemačkih porodica, većinom sa reke Rajne, među kojima je bilo dosta mlinara, ribara i lađara, ali i stolara, kovača, grnčara, tkača, sedlara, čizmara i drugih zanatlija. Ovde se nalazilo važno pristanište za teretne lađe koje se razvilo u najvažniji tranzitni centar za kolonizaciju nemačkog stanovništva u Bačku. Ovi kolonisti su dolazili Dunavom do apatinskog pristaništa, odakle su raseljavani u pravcu novih odredišta. Osim toga, naselje se razvilo i u snažno zanatsko središte severozapadne Bačke.
Plan grada Josefa Kiša iz 1789. godine sa ucrtanim kameralnim objektima
Apatin kao ulazno mesto nemačke kolonizacije u koji su brodovima dolazili mnogi nemački kolonisti bio je konačno odredište mnogih putnika posle dugog i mučnog puta.
Kada je doneta odluka da se formira naselje Apatin u kom je već više od 10 godina bila vojna luka, pored niza komorskih građevina počinje gradnja i prve apatinske kameralne crkve. Crkva je posvećena 15.08.1748. godine od strane franjevca Petra Damjanića koji je u to vreme bio administrator sve do dolaska prvog sveštenika Jakoba Mikoša. U naslju koje je tada nastajalo bilo je već 1973 katolika i več oko 400 kuća. Pomoć pri gradnji crkve dali su i vernici koji su već živeli u Apatinu ali je crkvu uglavnom finansirala Ugarska dvorska komora. Crkva se nalazila u centralnoj ulici Apatina a to je današnja Pivarska ulica, koja se tada zvala crkvenom ulicom. U odnosu na današnje stanje trg sa crkvom se nalazio otprilike na prostoru današnje ribarske centrale ili nešto ispred nje.
Poprečni presek koji je radio kameralni arhitekta Josef Kiš iz 1786. godine
Na samom početku nastanka naselja uglavnom su građene improvizovane crkve od nboja i koje su bile pokrivene šindrom. Moguće je da je i prva apatinska crkva osveštana 1748. godine isto bila skromnija. Medjutim Kraljevska dvorska komora već 1755. godine gradi reprezentativnu crkvu koju je projektovao vrsni arhitekti Dvorske komore Janoš Mayhofer.
Crkva posvećena Uznesenju Marijinom, bila je izgrađena od čvrstog materijala i pokrivena šindrom u baroknom stilu sa elementima rokokoa. To je bila jednobrodna građevina sa poligonalnom oltarnom apsidom. Dužina crkve je bila 24 klaftra ( oko 46 metara), širina 6 klaftra (oko 12 metara) dok je visina crkve bila 10,5 klaftra (oko 20 metara).
Projekat apatinske crkve iz 1755. godine. Projekt je uradio arhitekta Janoš Mayhofer
Apsida je bila nešto uža od glavnog broda crkve i na nju se sa severne strane nadovezivala sakristija. Iz sakristije se unutar severnog zida pružalo stepenište do pridikaonice koja se nalazila unutar crkve. Unutrašnjost crkve je podeljena na tri traveja sa sfernim svodovima. Hor je bio od drveta i zauzimao je prostor ispod zvonika. Oltarni prostor osvetljen je jednim prozorom a sam glavni brod crkve sa po tri prozora sa severne i južne strane crkve. Sa zapadne strane nalazio se dvospratni toranj na koji je na predlog barona Kotmana 1789. godine postavljen sat. Crkva je 1777. godine renovirana i dograđena je još jedna sakristija. Osnovni građevinski materijal koji je korišćen je bila pečena opeka. Delom je u crkvu ugrađena i opeka iz porušenog nadbiskupskog dvorca i crkve. Ovi objekti su delom bili izgrađeni od antičke opeke koja je ugrađena posle i u ovu komorsku crkvu. Zidovi crkve su bili obostrano malterisani. Krovna konstrukcija je bila od drveta i pokrivena šindrom. Na krovu iznad oltara je bio postavljen krst. Toranj crkve se završavao baroknim krovom i jabukom na koji je bio postavljen krst. Kriptu crkva nije imala, ali su se u crkvi ipak bile sahranjene dve osobe za sumu od 200 rajnskih forinti. Oko ove crkve je bilo mesno groblje, a pored nje je bila i parohijska kuća. Božiju službu u to vreme su vodili franjevci iz Sombora. Oni su i vodili prve matične knjige Apatinaca u Somboru. Prvi fratar koji je služio u Apatinu je bio Petar Damjanić.
Crkva je prikazana i na dvema sačuvanim vedutama. Na obe vedute sa desne strane vidimo velike vojne magacine. U centralnom delu je crkva ispred koje se vidi rukavac Dunava koji je delio grad na dva dela. Na veduti iz arhiva u Somboru, vidljiv je i most sa statuom Sv. Ivana Nepomuka na mostu, dok na veduti iz Sečenji arhiva mosta nema. Moguće je da je ova veduta starija i nastala pre izgradnje mosta koji je grad delio na dva dela. Sa leve strane na obe vedute prikazana je manufaktura svile. Na arhivi iz Sombora u gornjem delu prikazan je grb Habzburgovaca dok je na drugoj veduti prikazan grb Apatina i to u štitnom delu prikaz bacanje sa mosta Sv. Ivana Nepomuk unutar Habzburškog orla.
Veduta Apatina iz 90 tih godina 18 veka pronađena u arhivu u Somboru
Veduta Apatina iz 80 tih godina 18 veka pronađena u Sečenji arhivu.
Već od samih početaka postojanja grada, jake struje i kao i varijacije u vodostaju ugrožavale su naselje kao i vojne magacine na obali. Iz tog razloga je u Apatin poslat vrsni hidroinžinjer Jozef Kiš sa zahtevom da utvrdi obalu Dunava, gradi nasipe i kanale i tako ukroti moćnu reku koja je imala tendenciju da uništi grad. On je rukovodio radovima oko utvrđivanja obale. Gradio je šporne, utvrđivao obali ali i posle svakog oštećenja obale detaljno je crtao štećenja i slao izveštaje u Dvorsku komoru. Jozef Kiš je čak kao dobro rešenje predložio kopanje kanala kroz Kopački rit kako bi glavna matica dobila novi tok a grad se spasao. Kako za to nije bilo dovoljno novca u dvorskoj kasi, kao jeftinije rešenje predloženo je premeštanje dela grada na viši i zaštićeniji teren. U zadnjoj deceniji 18 veka Dunav je već odneo obalu i potkopao temelje crkve. Pristupilo se premeštanju svih važnih objekata komorskog grada i objekti su napušteni. Nije poznato kad je crkva porušena ali veoma brzo je zajedno sa grobljem nestala u talasima moćne reke.
Plan grada iz 1804. godine sa ucrtanim delovima grada i crkvom koji su potopljeni i nalaze se u Dunavu.
